CentOS 6にて。
VNCでキーボードのレイアウトが日本語になってくれない（@キー押してるのに[）ときは、あえてレイアウトを英語（US）にするとよいかも。
[システム] > [設定] > [キーボード]
[レイアウト] タブ > [デフォルトに戻す]
レイアウト[日本語] が削除され [英語（US）] のみになる
[設定の確認] に “@” などを入力してみる
CentOS6.0とVNC
http://www.furuthin.net/blog/archives/37
VNCのキーボードレイアウトが英語（US）
Linux