yum が次のエラーを吐いてた。
Repository base is listed more than once in the configuration Repository updates is listed more than once in the configuration
/etc/yum.repos.d の中に無効にしてた CentOS-Base.repo, CentOS-Debuginfo.repo, CentOS-Media.repo, CentOS-Vault.repo が生き返ったのでややこしいことになってるぽ。
# yum check-update Loaded plugins: fastestmirror, security Repository base is listed more than once in the configuration Repository updates is listed more than once in the configuration Loading mirror speeds from cached hostfile * base: ftp.riken.jp * extras: ftp.riken.jp * updates: ftp.riken.jp
再度これら標準ファイルを削除すると治った。CentOS-Base.repo, CentOS-Debuginfo.repo, CentOS-Media.repo, CentOS-Vault.repoは削除するよりも空ファイルを置いておいたほうがいいのかも知れない。