Gpg4win 2.0.1 でパスフレーズが入力できない件は pinentry.exe を pinentry-w32.exe に置き換えることで回避できるようです。
C:\>move "C:\Program Files\GNU\GnuPG\pinentry.exe" "C:\Program Files\GNU\GnuPG\pinentry.exe.orig" C:\>copy "C:\Program Files\GNU\GnuPG\pinentry-w32.exe" "C:\Program Files\GNU\GnuPG\pinentry.exe"