Windows も Linux も変わらんと思うが、GnuPG の電子署名でバージョンを隠すには GnuPG の設定ファイル C:\Documents and Settings\%USERNAME%\Application Data\gnupg\gpg.conf に no-version と入れればよい。
>> Gpg4win – EMail-Security using GnuPG for Windows
GnuPG の電子署名でバージョンを隠す
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